main folder

meinst du das?

main folder klingt nach dem obersten Ordner in der Hierarchie.
Wie aber nennt man den jeweils nächsthöheren?

Dude, ich glaube nicht, denn es kann ja nicht mehrere main folders innerhalb einer Struktur geben - übergeordnete kann es jedoch beliebig viele geben - je nach Tiefe der Struktur.

Root directory = Stammverzeichnis

If you just want to refer to a folder that is one step up from a particular subfolder (assuming this is not the root folder) you can call it the superordinate folder/directory or parent folder/directory.

root folder

dann

googelt ganz gut (wenn Du eben nicht das Stammverzeichnis = root folder / directory meinst)

Editus interruptus:
http://pcsupport.about.com/od/termsr/g/rootfolder.htm
Root Folder
Definition: The root folder of any partition is the "highest" folder in the hierarchy. The root folder contains all other folders and can also contain files.

Nein, root folder ist es nicht (den kannte ich schon), also nehme ich higher-level folder, obwohl ich das Gefühl habe als hätte ich auch schon mal einen spezielleren Begriff dafür gehört...

SP: superordinate folder ist auch nicht schlecht, klingt aber noch umständlicher.

containing folder