There's no real difference - you can say either.

Auf gut deutsch gesagt: im Deutschen ist es eigentlich egal.

Ich denke schon, dass es da einen kleinen Unterschied gibt.

"Im Deutschen" wird verwendet wenn es sich auf die Sprache im ganzen bezieht. Es ist eine kurzform von "In der deutschen Sprache".
z.B. Im Deutschen werden alle Substantive groß geschrieben.
Hier passt "auf deutsch" nicht.

Mir fällt jetzt auf die Schnelle kein Beispiel ein wo man nur "auf Deutsch" verwenden kann.
Es gibt Fälle, wo beides passt.
Z.B. Auf Deutsch heißt das "Stuhl".
Hier kann auch gesagt werden: "Im Deutschen heißt das "Stuhl".

Ich glaube, ihr macht es euch zu einfach.
Beispiel:
Den Satz "Im Deutschen gibt es 10 Wortarten" kann man nicht durch den Satz "Auf Deutsch gibt es 10 Wortarten" ersetzen.

Mit "Im Deutschen..." kann man allgemeine Aussagen über Eigenschaften der Sprache machen. "Auf Deutsch..." ist konkreter und muß sich immer auf Wörter bzw. Sätze beziehen.

@!: Auf gut deutsch gesagt: im Deutschen ist es eigentlich egal.

Das ist doch auch ein gutes Beispiel um das Gegenteil zu beweisen:
"Im Deutschen gesagt: auf Deutsch ist es eigentlich egal" hört sich in meinen Ohren schrecklich an :-)

@M: Um Mißverständnissen vorzubeugen: Mein Beitrag bezog sich nur auf deine beiden Vorredner.

@Re: das hab ich mir schon gedacht :-)