Alle drei Sätze sind grammatisch richtig ... nur die Bedeutung ist jeweils eine andere...

Aus der Sicht des Sprechers gesehen :

• Hier kommen Leute aus der Kirche. -- Der Sprecher befindet sich vor der Kirche und sieht, wie die Leute aus dem Inneren der Kirche herauskommen
• Hier kommen Leute von der Kirche. -- Der Sprecher befindet sich ein Stück von der Kirche entfernt und sieht, dass die Leute aus der Richtung kommen, in der sich die Kirche befindet. Die Leute können in der Kirche gewesen sein oder auch davor oder daneben.
• Hier kommen Leute in die Kirche. -- Der Sprecher befindet sich in der Kirche und sieht, wie die Leute hereinkommen.