In my opinion, there is a difference.

ich komme aus Berlin = I am a native of Berlin
ich komme von Berlin = last night I was in Berlin and I have travelled from Berlin to here.

Vielleicht regional, aber aus österreichischer Sicht würde ich sagen:

Ich komme gerade aus Berlin, Hannover, Frankreich ....
Dieses Flugzeug kommt direkt aus Wien, Prag, Berlin....
Der Flieger aus Berlin ist gerade gelandet ...

Ich bin/stamme aus Berlin, Wien.... (Herkunft, Geburtsort)

Ich komme aus Berlin.
Ich komme vom Berliner Flughafen.

#2 ist nicht regional. Als Norddeutscher würde ich es genau so sagen.
#1 kommt mir falsch vor, ist aber möglicherweise eine regionale Variante.

"von" ist meiner Meinung in beiden Sätzen kein korrektes Hochdeutsch, wobei ich mir fast sicher bin, dass es in einigen Dialekten in diesem Zusammenhang vewerndet wird.

Wenn mit "von", dann, wie bei #3 vorgeschlagen, "vom Berliner Flughafen" - im zweiten Satz ging vielleicht auch noch: "Das Flugzeug ist gerade von Berlin aus angekommen." Hört sich aber auch nicht so schön an...

Mit "aus" liegst du auf jeden Fall immer richtig!

"Wer vom Rathaus kommt, ist immer klüger.
Wer deswegen vom ehemaligen Bürgermeister aus einem kleinen Dorf in Rheinland Pfalz geniale Konzepte erwartet hätte, musste schief liegen."

from: http://209.85.135.104/search?q=cache:lejOQJjv...

Hier ist "vom" korrekt verwendet.

ich denke, man kann "von" verwenden, wenn es um eine Institution geht.

"er kommt gerade von der Schule nach Hause", "sie kommen vom Standesamt", "Ich komme gerade vom Zahnarzt", "ich nehme das Taxi vom Flughafen"

Ist es aber ein Ort, wie Berlin, Hamburg etc, dann aus

"Ich komme aus Berlin.", egal ob man in Berlin wohnt, oder gerade aus Berlin zurueckkehrt..

Ich komme von Berlin, geht mE gar nicht.