It is absolutely ambiguous! Either interpretation is valid. You need to get more context on this, sorry.

ich denke es gehört zu Sie, sonst würde ich zumindest das 'entwerfen sie' so nicht einsetzen.

Würde es vielleicht auch beides abdecken.

nee (bezieht sich nur auf die doppelte Abdeckung), ich glaub hintenrum wären es die individual domains

"Entwerfen Sie alle weiteren Festwerte zu den Domänen selbst." Der Text ist meiner Meinung nach schon im Deutschen schwer zu verstehen und deshal schlecht. Ich würde ihn wie folgt ändern: Entwerfen sie selber (mögliche) Subdomains für Ihre Domänen. Erläuterung siehe unten.
Details zu dieser Thematik siehe auch: http://www.modwest.com/help/kb7-180.html

Mein Übersetzungsvorschlag beruht auf folgender Annahme:
Normalerweise kauft oder bezieht man eine Domain, wie z.B. "leo.org". Gelesen wird eine Domain immer von rechts nach links. Eine Domain muss eindeutig sein und existiert nur ein einziges Mal. Aus technischen Gründen kann es sinnvoll sein, sogenannte Subdomains zu verwenden. Diese Subdomains können vom Besitzer der Doamin beliebig gewählt oder kreiert werden, wie z.B. "dict.leo.org".

Ahhh! mal ein Ansatz das Ganze zu verstehen :-)