"pendant" allein ist Präposition und steht in der Regel vor einer Zeitangabe:

pendant les vacances = während der Ferien

"pendant que" ist Konjunktion und eröffnet einen ganzen Satz. Nach "pendant que" steht deshalb zunächst einmal das Subjekt (der Satzgegenstand):

Pendant qu'il parle, tout le monde écoute ... Während er redet, hören alle zu.