"amenaza" ist richtig, aber nicht "amenaza de" sonst "amenaza con"destruir una parte de Santa María/del sitio Santa María.

Hay amenaza de destrucción.
Amenaza con destruir.

Dein Vorschlag mit meinem:
Últimamente la construcción de una nueva carretera que conectará el valle de Viscas con Laramate, evitando la vuelta por Ocaña, amenaza con destruir una parte del Santa María, un sitio arqueológico muy importante.

Oder: ... representa una amenaza para ....
(dass die Bedrohung die Zerstörung der archäologischen Stätte bedeutet, geht eigentlich daraus hervor, bzw- halte ich in dem Zusammenhang für nicht unbedigt notwendig zu erwähnen)

Oder den Satz umdrehen: Últimamente, el sitio de Santa María, .... se ve amenazado por ..... / corre peligro de ser destruído por la construcción de una nueva carretera ....