"There is a fly in my soup" ist die korrekte und am immer gehörte Aussage.
"In my soup there is a fly" ist grammatisch richtig, wird aber nicht benutzt.

und in my soup is a fly ist dann ganz falsch oder!?

Ich denke, dass grammatikalisch beides o.k. ist - und im Alltagsgebrauch, wenn nicht besonders betont wird, auch austauschbar.
Wenn Du ganz genau sein willst, kann bei besonderer Betonung die Bedeutung etwas anders liegen:
Dein erstes engl. Beispiel ist die Antwort auf: Was ist in Deiner Suppe?
Und das zweite auf:Wo ist die Fliege drin?

"Waiter, there is a fly in my soup!"
"What do you expect for $5.00, a turkey?"

SCNR